سومین دوره انتخابات ریاست جمهوری نیز در شرایطی برگزار شد که کشور در اوج بحران سیاسی قرار داشت. تداوم جنگ تحمیلی و نیاز نیروهای جبهه به حمایت های لجستیکی، انسانی و همچنین تشدید ترورهای کور منافقین علیه مردم عادی کوچه و بازار دو بحران عمده کشور بود. نامزدهای این دوره از انتخابات عبارت بودند از: آیت‌الله سید علی خامنه‌ای، سید علی اکبر پرورش، حسن غفوری فرد و سید رضا زواره‌ای. آیت‌الله خامنه ای در این انتخابات که دهم مهر 1360 برگزار شد، در شرایطی به پیروزی رسید که 3 ماه پیش از آن خود در مسجد ابوذر تهران مورد سوء قصد عوامل سازمان مجاهدین خلق قرار گرفته و از ناحیه دست و سینه به شدت مجروح شده بود.