آیت الله واعظ طبسی از جمله چهره هایی بود که از نظر سیاسی در جبهه راست، در دوقطبی «راست و چپ» دهه شصت و نیز جریان اصولگرا در دو قطبی دهه های 80 و 90، میان «اصولگرایان و اصلاح طلبان» جای می گیرد. مواضع سیاسی وی در تمام دوران حیاتش در دفاع از حضرت آیت الله خامنه ای بود اما منتقدان، از نزدیکی واعظ طبسی به آیت الله هاشمی رفسنجانی نگران بوده و چه در دوران اصلاحات و چه در زمان ریاست جمهوری محمود احمدی نژاد، انتقاداتی را علیه آیت الله واعظ طبسی مطرح می کردند. برخی حواشی به ویژه درباره بعضی اعضای خانواده وی، فرصتی به منتقدان برای فضاسازی تبلیغاتی می داد.
اوج این فضاسازی ها علیه آیت الله واعظ طبسی پس از آن صورت گرفت که در سال 84 او در برابر محمود احمدی نژاد، از هاشمی رفسنجانی حمایت کرد. هرچند همزمان با سالروز هفتادسالگی آیت الله، محمود احمدی نژاد در برابر هاشمی به پیروزی رسید، اما حمایت های آیت الله از دوست قدیمی اش ادامه یافت. واعظ طبسی که تاکنون هم تولیت آستان قدس رضوی را برعهده داشت، هم نمایندگی ولی فقیه در استان‌های خراسان، هم عضویت در مجلس خبرگان رهبری، هم عضویت مجمع تشخیص مصلحت نظام و هم مدیر عالی حوزه علمیه خراسان به شمار می آمد، در سالهای بعد مواضعی انتقادی نسبت به عملکرد منتقدان رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام اتخاذ کرد و همین امر بر حجم تخریب ها علیه او افزود تا جایی که اندک اندک آیت الله واعظ طبسی در سکوتی سیاسی قرار گرفت؛ سکوتی که به شایعه بیماری او دامن زد..
واعظ طبسی با وجود حمایت از هاشمی، در سال 88 موضعی سرسختانه در برابر حوادث پس از انتخابات داشت. او در یکی از سخنرانی های خود در آن سال گفت: "در سال 88 کسانی که از جریان فتنه تبعیت کردند و خرسند و امیدوار بودند که در آینده ای نه چندان دور قدرت را به دست خواهند گرفت و به دنبال کسب قدرت آن چه باید بشود خواهدشد، کسانی بودند که همیشه نشان می دادند، در راه امام (ره) و رهبری اند و مایل بودند مردم نیز آن ها را با همین خصوصیات بشناسند..." کمی بعد، آیت الله واعظ طبسی در کنار نقد حوادث سال 88 به یکی از منتقدان جدی جریان انحراف تبدیل شد. جریانی که در توصیف حلقه ای از یاران نزدیک به رئیس جمهور پیشین به کار می رفت. او در یکی از سخنرانی های خود درباره این جریان، به خاطرات خود از دهه شصت، ان زمان که رویاروی منافقین قرار گرفته بود اشاره کرد و گفت: "جریان فتنه و انحرافی شاخه‌ای از مجاهدین خلق هستند".