انسان موجودی عاقل، متفکر و حقیقت جوست؛ به این معنا که او در برخورد با محیط پیرامون خود، از خود سوالات متعددی می‌پرسد و هر چه رشد کرده و عقل او شکوفا می‌شود، این سوالات نیز عمیق‌تر و پربارتر می‌شوند. یکی از مهم‌ترین دغده‌های بشر از ابتدای خلقت تا به حال، فهم هستی و چرایی وجود و هستی است؛ این‌که از کجا آمده است، آمدنش بهر چه بوده و به کجا می‌رود؟ این سه سوال از اساسی‌ترین سوالات بشر هستند که از قدیم الایام ذهن بشر را به خود مشغول کرده و آدمی همیشه کوشیده است پاسخی مناسب و تسکین بخش برای آن‌ها بیابد.
اولین سوالی که آدمی از خود می‌پرسد این است که به راستی آیا این عالم با این عظمت و نظم دقیق، خالق و آفریننده‌ای صاحب عقل و هوش و درایت دارد یا خیر؟ آیا حاصل شعور و داریت است یا حاصل تصادف و اتفاق است و کاملا تصادفی به این شکل در آمده و انسان نیز در این میان کاملا تصادفی و بر اثر تکامل سایر حیوانات به این شکل در آمده است؟ آدمی تا برای این سوال پاسخ مناسبی نیابد، هرگز روی آرامش و راحتی را به خود نمی‌بیند، و دائما در سرگردانی و حیران خواهد بود.
حال اگر کسی در پاسخ به این سوال بگوید عالم از روی تصادف به وجود آمده و خدایی فراتر از عالم ماده وجود ندارد؛ در این صورت او با سوالات متعددی روبروست که او را حیران کرده و آرامش و راحتی را از او می‌گیرد. سوالاتی هم‌چون این‌که مگر می‌شود این عالم و این نظم موجود در آن، حاصل تصادف باشد؟ مگر نظم با تصادف سازگاری دارد؟ آن اولین موجود عالم، خود از کجا آمده است، چه کسی او را خلق و محدود کرده؟ آن اولین انفجار عالم چگونه شکل گرفت؟ ماده محدود است و متغییر، این تغییر را چه کسی ایجاد می‌کند؟ و هزاران سوال بی پاسخ دیگر که ذهن او را مشوش کرده و هرگز پاسخی برای آن‌ها پیدا نمی‌کند.
از طرف دیگر او خود را در بین دو بن بست ناگوار می‌بیند، از کجا آمده است؟ از هیچ؛ به کجا می‌رود؟ به هیچ؛ لذا در سرگردانی مطلق بوده و هیچ انگیزه‌ای برای ادامه حیات ندارد و برخی با این تفکر ادامه حیات را بی‌نتیجه و بی‌ثمر دانسته و ناگزیر دست به خودکشی می‌زنند. این عده که در غرب به «نهلیسم» معروفند دنیا و زندگی را پوچ و بی ارزش دانسته و پوچ گرای محض هستند.
از طرفی می‌توان گفت فلسفه علمی است که اساسش بر مبنای آزادی و حریت بشر در تفکر و تعقل است و مشی فلاسفه نیز چنین بوده و خود را آزاد دانسته و از کلیات هستی بحث کرده‌اند. فلسفه تقلید و تعلق به یک جناح خاص را باطل دانسته و اصل را تفکر بشر می‌داند؛ و نتیجه آن را نیز به عنوان نظریه می‌پذیرد، البته آن نظری که بر پایه برهان بوده و بر استدلال عقلی و برهانی استوار باشد، به نحوی که نتوان به آن اشکال کرد. در این علم گفته می‌شود اگر مطلبی بر پایه یقینیات استوار باشد و مقدمات آن یقینی باشد، نتیجه آن هم یقینی خواهد بود.
یکی از مهم‌ترین بحث ها این علم، اثبات خداوند متعال به عنوان وجودی بی‌حد و بی‌نهایت برای عالم ممکنات است؛ در این علم با براهین مختلف و یقینی و با تقسیم موجود به «واجب الوجود» و «ممکن الوجود» اثبات می‌شود باید در عالم هستی واجبی باشد تا عالم توجیه شود.
بنابراین اگر کسی بگوید: «بی‌خدایان باید به بی‌خدایی خود مفتخر باشد نه شرمنده، زیرا بی‌خدایی فرد، نشانه صحت و استقلال اوست» کاملا سخن نادرست و باطلی را بر زبان جاری کرده است، چرا که اولا: افرادی مثل فارابی، ابن سینا، شیخ اشراق، صدرالدین محمد شیرازی و دیگر فلاسفه اسلامی از آزاد ترین افراد از حیث اندیشه بوده‌اند و همه آنان به خداوند متعال معتقد و براهین مختلفی را برای اثبات آن ارائه کرده‌اند که در جای خود بی‌نظیر بوده و جای هرگونه شک و شبهه را از دل آدمی می‌زداید. ثانیا: هرگز نشانه صحت او نیست، چرا که آنان هرگز نتوانستند برای انکار خداوند متعال دلیل و برهانی تسکین بخش ارائه کنند که آدمی به راحتی آن را بپذیرد و سوالات بعدی را به دنبال نداشته باشد.
به نظر می‌رسد فلاسفه غرب به علت آشنا نبودن با فلسفه اسلامی و ادله اثبات خداوند متعال در این علم، چنین ادعایی داشته‌اند؛ و باید گفت بی‌خدایی نشانه عدم درک درست از هستی و عدم فهم صحیح براهین فلسفی است. چرا که عقل بشری با توجه به بطلان تسلسل، هرگز نمی‌تواند بپذیرد که عالم هستی سر منشا و واجب الوجودی نداشته باشد.
قرآن نیز به روشنی به این مساله پرداخته و در آیات متعددی از مشرکان، برای انکار خود دلیل و برهان خواسته است و فرموده: «أَمِ اتَّخَذُوا مِنْ دُونِهِ آلِهَةً قُلْ هاتُوا بُرْهانَکُمْ هذا ذِکْرُ مَنْ مَعِیَ وَ ذِکْرُ مَنْ قَبْلِی بَلْ أَکْثَرُهُمْ لا یَعْلَمُونَ الْحَقَّ فَهُمْ مُعْرِضُونَ(انبیاء-24): آیا آن‌ها جز خدا معبودانى برگزیدند؟ بگو دلیلتان را بیاورید این سخن من و سخن (پیامبرانى است) که پیش از من بودند، اما اکثر آن‌ها حق را نمی‌دانند و به این دلیل از آن روی گردانند». هم‌چنین در نکوهش مشرکان، به خاطر تقلید کورکورانه از اجداد خود که در شرک به سر برده‌اند می‌فرماید: «وَ إِذا قِیلَ لَهُمُ اتَّبِعُوا ما أَنْزَلَ اللَّهُ قالُوا بَلْ نَتَّبِعُ ما أَلْفَیْنا عَلَیْهِ آباءَنا أَ وَ لَوْ کانَ آباؤُهُمْ لا یَعْقِلُونَ شَیْئاً وَ لا یَهْتَدُونَ(بقره- 170) : و هنگامى که به آن‌ها گفته شود از آن‌چه خدا نازل کرده است پیروى کنید، می‌گویند: بلکه ما از آن‌چه پدران خود را بر آن یافتیم پیروى می‌کنیم، آیا نه این است که پدران آن‌ها چیزى نمی‌فهمیدند و هدایت نشدند». این آیات و امثال آن خود گویای اهمیت تفکر و تعقل در اسلام است.
در نتیجه: بی‌دینی و بی‌خدایی هرگز دلیل بر تفکر و روشنفکری آدمی نیست، بلکه دال بر حماقت و نفهمی اوست که ظاهرترین موجود عالم را ندیده و او را منکر است و هیچ دلیلی هم بر انکار خود ارائه نمی‌کند.