آیت اللَّه حاج سیدمصطفی خمینی در آذرماه 1309 ش در قم به دنیا آمد و پس از گذراندن دوران ابتدایی، در 16 سالگی به تحصیل علوم اسلامی روی آورد. وی از سال 1330 در درس خارج پدر فرزانه خویش و آیت اللَّه بروجردی حاضر شد و از محضر آیات عظام علامه طباطبایی، سیدمحمد محقق داماد، شیخ مرتضی حائری و سید محمد باقر سلطانی طباطبایی بهره برد. ایشان از سال 1341 همراه با امام به مبارزه با رژیم پرداخت و در پیشبرد نهضت اسلامی نقش بسزایی ایفا کرد. وی پس از تبعید حضرت امام به ترکیه، با سیل خروشان مردم خشمگین به خیابانها آمد و به بیوت مراجع رفت. پس از این حرکت ضدرژیم، عوامل طاغوت او را دستگیر و پس از آزادی چند روزه، به ترکیه تبعید کردند. حاج آقا مصطفی پس از چند ماه حضور در ترکیه، در مهر 1344 ش به همراه پدر به نجف رفته و به درس و بحث پرداخت. ایشان از همان جا نیز شیوه های نوین مبارزه با شاه را دنبال می کرد و مشاوری برجسته و متعهد برای امام بود. در نجف، مدتی به دلیل کوشش هایی که علیه رژیم ضداسلامی عراق انجام داد دستگیر شد و او را به شدت از فعالیتهای سیاسی منع کردند. سرانجام آیتاللَّه مصطفی خمینی در اول آبان 1356 ش برابر با 9 ذی قعده 1397 ق در 47 سالگی به شکل مرموزانه ای به شهادت رسید. حضرت امام، رحلت حاج سیدمصطفی را از الطاف خفیه الهی خواندند و در مورد فرزند دلبندشان فرمودند: "مصطفی امید آینده اسلام و ایران بود". بازتاب خبر ارتحال ایشان، ابعاد بسیار وسیعی به خود گرفت و در حرکت توفنده مردم انقلابی مؤثر بود.بدن مطهر آن شهید با آب فرات غسل داده شد و در کنار مقبره علامه حلی در صحن امام علی(ع) مدفون گردید. ازآیت اللَّه حاج سید مصطفی خمینی آثار متعددی بر جای مانده است که مکاسب محرمه در 2 جلد، تفیسر قرآن در 3 جلد و کتاب الاصول از آن جمله اند.