در عهد مغول، شعبه ای از این خاندان در ایران دارای یک سلسله ی پادشاهی شد که آن را سلسله ی ایلخانان یعنی خانهای محلّی می گویند. مؤسس این سلسله، هلاکوخان مغول، برادر منگوقاآن است. هلاکو در آغاز ورود به ایران، قصد براندازی فرقه ی اسماعیلیه را کرد و پس از تصرف قلعه های این گروه، رکن الدین خُوَرشاه، آخرین شاه اسماعیلی را در 655 ق کُشت. سپس با هدف تسخیر بغداد پایتخت خلافت عباسی، راهی این شهر شد و پس از قتل عام بسیار و کشتار هزاران نفر از مردم و غارت پایتخت عباسیان، خلیفه ی عباسی را به قتل رساند.