در عهد مغول، شعبه ای از این خاندان در ایران دارای یک سلسله ی پادشاهی شد که آن را سلسله ی ایلخانان یعنی خانهای محلّی می گویند. مؤسس این سلسله، هلاکوخان مغول، برادر منگوقاآن است. هلاکو در آغاز ورود به ایران، قصد براندازی فرقه ی اسماعیلیه را کرد و پس از تصرف قلعه های این گروه، رکن الدین خُوَرشاه، آخرین شاه اسماعیلی را در 655 ق کُشت. سپس با هدف تسخیر بغداد پایتخت خلافت عباسی، راهی این شهر شد و پس از قتل عام بسیار و کشتار هزاران نفر از مردم و غارت پایتخت عباسیان، خلیفه ی عباسی را به قتل رساند. با قتل المستعصم باللَّه، در ماه صفر 656 ق، دولت پانصد ساله ی بنی عباس نیز منقرض گشت. از آن پس، شام را تصرف نمود و ولایات آن را غارت کرد. در نهایت، در حالی که هلاکو قصد داشت بر مصر بتازد و شکست سردار خود را در این کشور جبران کند، در آذربایجان به دیار نیستی رفت و در 48 سالگی پس از عمری جنایت و کشتارهای وحشتناک، مُرد.